Гавану основали испанские поселенцы 16 сентября 1519 года. До завоевания острова испанцами на этом месте жили индейцы (в частности сибонеи и таино), однако жестокий гнёт поработителей, болезни и голод привели к почти полному уничтожению коренного населения. Недостаток рабочей силы в городе испанские завоеватели восполняли неграми-рабами, которые уже в начале XVII века были значительной частью населения Гаваны.
В конце XVI века (1563) Гавана стала административным центром испанской колонии острова Куба, получившему к тому времени статус генерал-капитанства. С конца XVI века он был главным форпостом Испании на Антильских островах и перевалочной базой для отправки в Испанию награбленного в Америке золота.
Генерал Капитан (губернатор) Диего Антонио де Виана и Инохоса.