Можно сказать, что история Скорпиона, как и любого другого великого клана, начинается с падения Ками, но на самом деле она началась с великого турнира, на котором Ками решали, кто из них будет править. Выиграв этот турнир, Хантей решил обратить сообразительность Баюси на пользу зарождавшейся империи. Император попросил Баюси стать его Тайной Рукой, что будет делать неприятные, но необходимые для выживания империи вещи. Баюси понял, что из-за этого остальной Рокуган будет презирать его клан, также это означало, что если кланы объединятся против общего врага, то они выступят против Скорпиона, а не императора. Но Баюси согласился с требованием императора, несмотря на то, что это означало, что теперь к самому Баюси и его последователям вечно будут относиться с презрением и недоверием.
Как и другие Ками, Баюси начал создавать свой клан, разыскивая преданных и надежных последователей среди смертных Рокугана. Однако он искал себе не таких последователей, как его родичи. Обязанность, возложенная на Скорпиона (сражаться против тайных угроз империи) не обязательно требовала физической или магической мощи. Он искал людей с качествами, которые его родня презирала: коварство, хитрость, искусство обмана, наблюдательность и скрытность. Поэтому Скорпион с самого начал отличался от других кланов, его члены бы рассеяны повсюду, прячась или маскируясь. В ранних записях даже утверждается, что у изначального Скорпиона вообще фактически не было своих владений, это был странствующий клан, что тайно рассеялся по всей империи.
Наиболее знаменитой и способной последовательницей Баюси была мастерица обмана Шосуро. Как-то на дороге Баюси встретил юношу, который затем преобразился в гейшу, что держала нож у горла в его спальне. Баюси был весьма впечатлен сообразительностью и коварством Шосуро и убедил ее присоединиться к своему зарождавшемуся клану. Шосуро вскоре стала его ближайшей советницей и в итоге оказала практически такое же влияние на облик клана, как и сам Баюси.
Однако не все из ранних последователей Баюси были выбраны благодаря своему коварству. Во время Первой войны против сил Фу Ленга могущественный шугендзя Феникса по имени Його был проклят самим Темным Ками предать тех, кого он любил больше всех. Неспособный вынести такой груз, Його бежал из Феникса и решил покончить с собой. Однако Баюси предложил ему другой путь - вступление в клан Скорпиона. Його запротестовал, сказав, что проклятье обречет самого Баюси, на что тот ответил: "Но Його, ты ведь меня не любишь". Його согласился вступить в клан и в итоге основал там собственную семью.