Родилась у Роберта II, герцога Бургундского и Агнессы Французской в 1290 году. Отличалась эмоциональностью и восхищением куртуазными произведениями. Когда ей сообщили о том, что она станет супругой будущего Короля Франции, 15-летняя Маргарита не находила себе места от счастья. Однако жизнь оказалось не такой, как в рыцарских романах – супруг не был идеалом и часто пренебрегал ею. Все же она родила Людовику ребенка.