Брат Ядвиги фон Андекс, супруги Генриха I Бородатого князя Силезии друга и союзника правителя Польши.
Брат епископа Экберта фон Андекс-Мераниен.
Еего отец, герцог Бертольд умер в 1204 году. Его владения были разделены между сыновьями. Оттон, старший из сыновей, получил родовые владения в Восточной Франконии (Андекс и Плассенбург), а также титул герцога Меранского. Также он упоминается как граф Виндберга, однако уже в 1207 году он продал его епископу Пассау за 1000 марок серебра.
В это время в Священной Римской империи шла борьба за императорский престол между двумя кандидатами — Филиппом Швабским и Оттоном Брауншвейгским, однако после 1204 года перевес склонился на сторону Филиппа. Герцоги Меранские считались сторонниками Гогеншауфенов.
Под опекой короля Филиппа Швабского находилась несовершеннолетняя племянница Беатрис, вторая дочь умершего в 1200 году пфальцграфа Бургундии Оттона I. После смерти в 1205 году старшей сестры, она получила графства Бургундия. Для управления графством Филиппу был нужен верный союзник, за которого он мог выдать замуж племянницу. Выбор пал на Оттона I Меранского. Свадьба была назначена на 21 июня 1208 года в Бамберге, епископом которого был брат Оттона Экберт. На свадебные торжества приехал и король. Однако король Филипп был заколот в епископском дворце пфальцграфом Баварии Оттоном VIII Виттельсбахом. Причиной этому послужило то, что Филипп обещал Оттону Баварскому руку своей дочери, но обещания не сдержал. В убийстве оказался замешан и маркграф Истрии Генрих, брат Оттона Меранского.
После такого ужасного события, конечно, свадьба была отложена на неопределенный срок. В данный момент на руку Беатрис претендует еще один кандидат!
Оттон Меранский, в отличие от братьев, не был заподозрен в причастности к убийству. Он признал Оттона Брауншвейгского правителем империи и сопровождал его в 1209 году Рим на коронацию. Оттуда он в октябре отправился в Бургундское графство, чтобы утвердить своё право наследования.
В графстве Бургундия Оттон сразу же вступил в конфликт с графом Осона Этьеном III, который желал женить на Беатрис своего сына Жана и вернуть графство своей семье
Из Бургундии Оттон отправился в Германию, где в сентябре 1211 года в Нюрнберге рядом имперских князей, недовольных правлением Оттона Брауншвейгского, был провозглашён королём Фридрих II Гогенштауфен, король Сицилии, сын покойного императора Генриха VI и двоюродный брат жены Оттона Меранского.