Является старейшем университетом в мире ведущим историю еще с Римских времен.
Болонья стала местом нахождения школы права, которая ранее базировалась в Равенне, а ещё раньше в Риме. В трактате 964 года, который был заключён между императором Оттоном I Великим и папой Львом VIII, поименованы проживавшие в Риме доктора права. Также известно, что в 1055 году Dominicum legis Doctorem выдавал в Равенне дипломы учителям и ученикам права. В Болонье первым преподавал юриспруденцию Пепо, получивший степень доктора права в 1075 году.
В начале XII столетия школа права в Болонье была уже популярнее равеннской. Однако ещё в середине этого столетия большей славой за пределами Италии пользовалась школа свободных искусств. Но уже к концу XII века болонские профессора права получили заметный перевес над прочими учёными Болоньи и приобрели европейскую известность. Это произошло благодаря, во-первых, научным преимуществам метода преподавания и, во-вторых, покровительству германского императора (1152—1190) Фридриха I Барбароссы, который также являлся королём Ломбардии и был заинтересован в поддержании авторитета римского права, на который можно было опереться при домогательствах короны. После сейма в Ронкалье (Пьяченца) в 1158 году, на котором присутствовали болонские профессора и где были урегулированы правовые взаимоотношения между императором и итальянскими городами, Фридрих дал обязательство предоставить всем студентам, изучающим в Болонье римское право, следующие льготы: во-первых, свободно путешествовать по всем странам под эгидой его авторитета (что помогало избегать неприятностей, обычно испытываемых иностранцами), и во-вторых, подлежать в городе суду исключительно профессоров или епископа.
Университет имеет две особенности, вытекающие из самих условий, при которых он образовался. Во-первых, это не была ассоциация профессоров (universitas magistrorum), власти которых исключительно должны были подчиняться ученики, посещающие их лекции, а ассоциация студентов (universitas scholarium), сама выбирающая руководителей, которым подчинялись профессора. Болонские студенты делились на две главные части, «ультрамонтанов» (из-за гор, то есть из стран вне Италии, за Альпами) и «цитрамонтанов» (из Италии, по сю сторону Альп), из которых каждая ежегодно избирала ректора и совет из различных национальностей, заведовавший вместе с ним управлением и университетской юрисдикцией. Профессора (doctores legentes) выбирались студентами на определенное время, получали гонорар по условию и обязывались не преподавать нигде, кроме Болоньи. Находясь по статуту, таким образом, в зависимости от университета и будучи свободны лишь в руководстве занятиями студентов, они могли приобрести авторитет и влияние на слушателей исключительно своими знаниями, личными качествами и педагогическим талантом.
Вторая особенность Болонского университета состоит в том, что он был юридическим (universitas legum) в противоположность Парижскому, который вначале был посвящён единственно теологии. Изучение римского права, положившее начало самому университету, и канонического права, введенного в программу университета в XII веке, остались главными предметами университетского преподавания. Медицина и свободные искусства преподавались в нём в с начала XIII столетия знаменитыми профессорами; но слушатели их тем не менее считались принадлежащими к юридическому университету.
Популярности университета способствовало также развитие города и его прекрасный климат. Учиться приезжали не только юноши, но и взрослые, семейные люди. Коронованные особы также посылали своих детей в Болонью для изучения права и свободных искусств. Удивительными для того времени особенностями университета были невозможность поступить благодаря только своему положению (знания требовались равно и от сына ремесленника, и от сына короля), а также то, женщины допускались и как студентки, и как преподавательницы.