После захвата Коньи мусульманами в 1080 году многие византийские культовые сооружения постепенно перестраиваются в мечети. В основе мечети Ала ад-Дина также находится византийская базилика. Первые перестройки начались в 1150 году во время правления султана Масуда I.
Масштабные работы по реконструкции и расширению мечети развернулись в 1215 году при султане Кей-Кавусе I. При нём создаётся монументальный фасад с северной стороны, с видом на город и дворец султанов.